Ясно

Точно сказать сложно, может из 2-х гб кэш того же apt'а половину занимает. "apt-get clean" && "aptitude clean" пробовали?

Пожалуй, проще всего было бы поставить какой баобаб и посмотреть, что и сколько места занимает.
Если есть время, интерес и желание повозиться, можно просмотреть список установленных пакетов и удалить ненужные. Например, вот таким наколенным скриптом (да простят меня башисты):
Код:
# получаем список всех установленных пакетов
dpkg --get-selections | grep -v deinstall | grep install | cut -f1 > installed
# смотрим, какие из них относятся к категории optional
for P in `cat installed`; do S=`dpkg -s $P | grep Priority | cut -d\ -f2`; if [ $S = "optional" ]; then echo $P; fi;done
Если установлено несколько ядер, тоже можно сэкономить порядком, удалив неиспользуемые. Просмотреть локали (ненужные- удалить localepurge'ом).
Кстати, вроде aptitude работает параллельно с apt? И функционал дублирует во многих местах. Я б почистил кэш и аптитуду снёс

И вот ещё. Не знаю, как аптитуда, а апт (зараза) с некоторой версии начал по умолчанию ставить не только прямые зависимости, но и те пакеты, которые попадают в секцию "recommends", из-за чего инсталляция некоторых программ раздувается раз в пять. Отключается эта фича следующей строчкой в /etc/apt/apt.conf:
Код:
APT::Install-Recommends "false";
Насчёт занимаемого места. 2гб голая система занимать не может

Не смогу сказать точно, потому как у меня куча девелоперских либ, компиляторов, jdk, латех, опенофис, питон, руби, моно, две оконные среды и куча всего по мелочам. Итого- 3.8 гб (из них одни исходники ядра > 400 мб)